O que são vírus?
Existem milhares de explicações sobre vírus, mas em quase todas as pessoas esquecem de citar o essencial:
Vírus são programas. Todos eles. No tipo mais comum de vírus eles são programas muitos pequenos e invisíveis. O computador (ou melhor dizendo, o sistema operacional), por si só, não tem como detectar a existência deste programinha. Ele não é referenciado em nenhuma parte dos seus arquivos, ninguém sabe dele, e ele não costuma se mostrar antes do ataque fatal.
Como funcionam?
Em linhas gerais, um vírus completo (entenda-se por completo o vírus que usa todas as formas possíveis de contaminar e se ocultar) chega até a memória do computador de duas formas. A primeira e a mais simples é a seguinte: em qualquer disco (tanto disquete quanto HD) existe um setor que é lido primeiro pelo sistema operacional quando o computador o acessa. Este setor identifica o disco e informa como o sistema operacional (SO) deve agir. O vírus se aloja exatamente neste setor, e espera que o computador o acesse.
A partir daí ele passa para a memória do computador e entra na segunda fase da infecção. Mas antes de falarmos da segunda fase, vamos analisar o segundo método de infecção: o vírus se agrega a um arquivo executável (fica pendurado mesmo nesse arquivo!). Acessar o disco onde este arquivo está não é o suficiente para se contaminar. É preciso executar o arquivo contaminado. O vírus se anexa, geralmente, em uma parte do arquivo onde não interfira no seu funcionamento (do arquivo), pois assim o usuário não vai perceber nenhuma alteração e vai continuar usando o programa infectado.
O vírus, após ter sido executado, fica escondido agora na memória do computador, e imediatamente infecta todos os discos que estão ligados ao computador, colocando uma cópia de si mesmo no tal setor que é lido primeiro (chamado setor de boot), e quando o disco for transferido para outro computador, este ao acessar o disco contaminado (lendo o setor de boot), executará o vírus e o alocará na sua memória, o que por sua vez irá infectar todos os discos utilizados neste computador, e assim o vírus vai se alastrando.
Os vírus que se anexam a arquivos infectam também todos os arquivos que estão sendo ou e serão executados. Alguns às vezes re-contaminam o mesmo arquivo tantas vezes e ele fica tão grande que passa a ocupar um espaço considerável (que é sempre muito precioso) em seu disco. Outros, mais inteligentes, se escondem entre os espaços do programa original, para não dar a menor pista de sua existência.
Cada vírus possui um critério para começar o ataque propriamente dito, onde os arquivos começam a ser apagados, o micro começa a travar, documentos que não são salvos e várias outras tragédias. Alguns apenas mostram mensagens chatas, outros mais elaborados fazem estragos muitos grandes Geralmente atacam por data. O mais famoso é o Sexta-feira 13. Mas existem outras datas que são muito temidas pelos especialistas em vírus, tal como o Chernobil (Win.CIH), dia 26 de todos os meses, e mais devastador no dia 26 de abril.
A maior parte dos softwares anti-vírus possui um catálogo detalhado de cada vírus e suas variações, com seus métodos de contaminação, estragos que provocam, etc.
Uma outra espécie de vírus, chamados de "Vírus de Macro", não contaminam arquivos executáveis, mas sim documentos de aplicativos que possuem linguagem de programação, como o Word, da Microsoft. Nestes aplicativos, é possível escrever programinhas para automatizar uma série de tarefas, e os vírus consistem em programas que alteram as características do aplicativo, retirando opções dos menus, salvando arquivos vazios ou com nomes errados, etc. Mesmo estes vírus, que se escondem dentro de documentos, precisam ser abertos (ou lidos) no aplicativo que o criou para que a contaminação seja feita. Após contaminado, o aplicativo faz uma cópia do vírus para todos os documentos abertos após a contaminação, alastrando ainda mais o problema. Dependendo do grau de "liberdade" que a linguagem macro contida nestes aplicativos possui, um vírus de macro pode até mesmo apagar todos os seus arquivos. Os anti-vírus mais novos detectam e corrigem arquivos com estes vírus.
Quais são as diferenças entre Vírus, Worms e Trojans?
Com certeza essa dúvida está na cabeça de quase todos os Internautas, e é por falta do real conhecimento de como classificar essas variações de pragas virtuais que grandes confusões ocorrem em muitos casos.
Resumidamente podemos distinguir essas pragas corretamente se atentarmos para as características básicas abaixo:
Vírus:
Um vírus é um programa, criado por um programador, e que causa um evento inesperado, usualmente negativo, na máquina que for atacada por esse tipo de praga virtual. Vírus são freqüentemente apresentados como jogos, ou imagens, que vêm com títulos inteligentemente criados, usando "engenharia social", como "Me, nude.", etc. São programas que se "acoplam", isto é se inserem dentro do código de outros programas, ou áreas específicas de um sistema operacional. Na maioria dos casos o arquivo que foi contaminado fica maior, inchado por culpa do código viral, entretanto nos casos de vírus que contaminam arquivos tipo PE do Windows, ou das áreas de BOOT e MBR (Master Boot record) tal efeito visual não fica patente, já que ou parte do código legal do programa é descartado para dar espaço ao código do vírus (nos casos das áreas de boot ou MBR) ou então o código viral se espalha pelos espaços vazios, originalmente encontrados nos arquivos PE.
Worms:
Worms (ou vermes, em Português) são vírus de um tipo especial, isto é: programas que residem na memória ativa de um computador e que se duplicam a si mesmos, criando várias cópias idênticas, que são distribuídas por rede local, ou por e-mail, ou mesmo por IRC (Internet Relay Chat). Tecnicamente os worms não contaminam as máquinas, através do ataque a arquivos ou áreas especiais, sua única ação é a disseminação dos próprios worms.
Trojans:
Um programa do tipo trojan (mais adequadamente chamado de Trojan horse - Cavalo de Tróia) é um programa malicioso que pretende se passar por ser aplicação benigna. Esse tipo de programa faz alguma coisa que o usuário não espera que ele faça quando instala um programa desses em sua máquina. Trojans não são vírus desde que eles não se replicam, mas com certeza são tão destrutivos, ou danosos - no caso dos trojans conhecidos como "back-doors" - como os vírus normais.
Como se proteger
Antes de mais nada o ideal é você NÃO PEGAR o vírus. Assim sendo todas suas ações preventivas devem estar firmemente direcionadas para IMPEDIR a entrada de um vírus. Depois da infecção só resta esperar que tenhamos o remédio certo, e que o usemos antes de esgotar o tempo que o vírus leva para disparar seu ataque. Siga sempre as medidas listadas abaixo. Com elas a chance de pegar um vírus fica muito remota, tal como se o nosso PC ficasse com uma imunidade total contra tal tipo de doença:

Esteja Pronto para quando um Vírus Atacar
 Siga sempre as medidas listadas abaixo; com elas a chance de um ataque de um vírus ao seu computador causar algum estrago, fica muito remota, tal como se o nosso PC ficasse com uma imunidade total contra tal tipo de doença:

Se possível vá até uma máquina sabidamente não contaminada e faça o seguinte:

Agora volte para a sua máquina contaminada, para a descontaminação final:

* Em geral os pacotes Anti-Vírus mais novos pedem, no ato da instalação, para criar um Disco de Emergência - FAÇA-O SEMPRE que instalar numa máquina o seu Anti-Vírus.

Se você já instalou o seu anti-vírus - mas não criou o Disco de Emergência, veja instruções abaixo, para criar AGORA esse disco:

Tabela Guia de Criação de Disco de Emergência para Vírus

Resumindo, os conselhos para estar protegido são sempre os mesmos: tenha um antivírus atualizado, tenha um firewall (ou ative o do Windows XP), instale os patches de segurança do Windows, tenha cuidado com os e-mails com arquivos anexados e fique atento na hora de baixar arquivos da internet. No mínimo isso.

Boa sorte!